大慈恩寺最早稱“大慶壽寺”“慶壽寺”俗稱“雙塔寺”“雙塔慶壽寺”“大興隆寺”創(chuàng)建于金章宗大定二十六年。

元初新建雙塔一九級一七級。海云國師圓寂后忽必烈為紀念他讓城墻避讓雙塔。元至元三年元世祖敕令僧道在此祈福。

明初旃檀瑞像遷至慶壽寺永樂六年姚廣孝居住于此。正統(tǒng)十三年太監(jiān)王振重修改名“大興隆寺”“大慈恩寺”成為藏傳佛教寺院。

天順元年寺被限制。成化十九年憲宗修繕。嘉靖十四年寺遭火災(zāi)后改為習儀祝圣之所、射所、演象所。以后逐漸坍塌清代乾隆時重修。

民國時寺尚存雙塔無恙后因拓寬長安街雙塔消失。

元代慶壽寺有藏傳佛教高僧沙羅巴、達益巴居住。明代大慈恩寺是藏傳佛教高僧云集之地如札實巴、領(lǐng)占竺、舍剌扎等還有眾多高僧受到明政府優(yōu)厚禮遇。