野馬 F99 的保值率整體較低。其前五年平均保值率分別為 58.6%、48.5%、42.9%、37.6%、34.1%，在緊湊型 SUV 中排第 97 名。

在不同城市，野馬 F99 的保值率也有所差異。比如在北京，1 年保值率為 59.8%，5 年保值率為 34.8%；在天津，1 年保值率 58.8%，5 年保值率 34.2%；在深圳，1 年保值率 60.3%，5 年保值率 35.1%。

從野馬汽車整體的保值率排行榜來看，野馬 F99 保值率為 58.62%，低于野馬 T80 的 66.12%、野馬 F16 的 62.17%等車型。

另外，野馬 F99 二手車估價，以 2010 款 1.5L 兩驅(qū)手動尊貴型為例，新車價 7.08 萬，3 年估價 4.88 萬，5 年估價 3.7 萬。