汽車(chē)燒甲醇的缺點(diǎn)主要有以下幾點(diǎn)：

甲醇有毒性。它會(huì)刺激眼睛結(jié)膜，能通過(guò)呼吸道、消化道和皮膚進(jìn)入人體，刺激神經(jīng)，引發(fā)頭暈、頭疼、惡心、視力障礙和代謝酸中毒等癥狀，嚴(yán)重時(shí)會(huì)導(dǎo)致失明甚至死亡。

甲醇有腐蝕性。對(duì)橡膠、塑料的溶脹作用較強(qiáng)，需要研制專(zhuān)用的甲醇燃料潤(rùn)滑油和腐蝕抑制劑。

熱值低。甲醇的熱值只有汽油的 48%，行駛相同里程所需燃料容積更大。雖然含氧量較高，理論混合氣熱值與汽油接近，但強(qiáng)力推進(jìn)時(shí)消耗量會(huì)增加，整體經(jīng)濟(jì)性不強(qiáng)。

甲醇汽油易分層。當(dāng)水分達(dá)到一定含量時(shí)，甲醇會(huì)從基礎(chǔ)汽油中分離，使用時(shí)需要加助溶劑嚴(yán)格控制水分。

適應(yīng)性差。尤其是在低溫環(huán)境，很難啟動(dòng)汽車(chē)，冬季使用會(huì)有困擾。

易揮發(fā)且易燃易爆。安全隱患大，輕微碰撞產(chǎn)生的火星都可能引起爆燃，因此從安全性考慮，推廣受限。

甲醇來(lái)源有限。80%的甲醇來(lái)源于煤炭，煤炭資源并非絕對(duì)環(huán)保且有限。

配套設(shè)施不完善。甲醇加注站的規(guī)劃和布局是很大挑戰(zhàn)，未普及，完善設(shè)備及運(yùn)輸?shù)却嬖趩?wèn)題。

燃燒可能產(chǎn)生甲醛。甲醇不完全燃燒會(huì)產(chǎn)生甲醛氣體，有毒甚至致癌。